Table 3. The number of SNPs, means (± SD) of minor allele frequency (MAF), the observed heterozygosity (OHE) and the polymorphic information content (PIC) by chromosome
Chr. No. | SNPs | MAF | OHE | PIC |
1 | 4,552 | 0.23 ± 0.14 | 0.32 ± 0.15 | 0.26 ± 0.11 |
2 | 2,744 | 0.23 ± 0.14 | 0.31 ± 0.16 | 0.25 ± 0.11 |
3 | 2,045 | 0.23 ± 0.15 | 0.32 ± 0.16 | 0.25 ± 0.11 |
4 | 2,657 | 0.25 ± 0.16 | 0.33 ± 0.16 | 0.26 ± 0.11 |
5 | 1,756 | 0.22 ± 0.14 | 0.31 ± 0.16 | 0.25 ± 0.11 |
6 | 2,582 | 0.26 ± 0.15 | 0.35 ± 0.15 | 0.27 ± 0.11 |
7 | 2,535 | 0.25 ± 0.15 | 0.34 ± 0.16 | 0.26 ± 0.11 |
8 | 2,156 | 0.27 ± 0.15 | 0.36 ± 0.16 | 0.28 ± 0.11 |
9 | 2,575 | 0.23 ± 0.15 | 0.32 ± 0.16 | 0.25 ± 0.11 |
10 | 1,426 | 0.22 ± 0.15 | 0.31 ± 0.17 | 0.24 ± 0.12 |
11 | 1,271 | 0.22 ± 0.15 | 0.31 ± 0.17 | 0.24 ± 0.12 |
12 | 1,184 | 0.24 ± 0.15 | 0.33 ± 0.16 | 0.26 ± 0.11 |
13 | 3,186 | 0.24 ± 0.15 | 0.33 ± 0.16 | 0.26 ± 0.11 |
14 | 3,095 | 0.23 ± 0.15 | 0.33 ± 0.16 | 0.25 ± 0.11 |
15 | 2,201 | 0.20 ± 0.15 | 0.28 ± 0.17 | 0.22 ± 0.12 |
16 | 1,378 | 0.23 ± 0.14 | 0.33 ± 0.15 | 0.26 ± 0.11 |
17 | 1,314 | 0.23 ± 0.14 | 0.32 ± 0.15 | 0.25 ± 0.10 |
18 | 946 | 0.25 ± 0.15 | 0.34 ± 0.15 | 0.27 ± 0.11 |
Overal | 39,603 | 0.24 ± 0.15 | 0.32 ± 0.16 | 0.26 ± 0.11 |
SNP, single nucleotide polymorphism.